Porodica proteina

Porodica proteina je evolucijski srodna grupa proteina. U mnogim slučajevima porodica proteina ima odgovarajuću porodicu gena, u kojoj svaki gen kodira odgovarajući protein u odnosu 1:1. Termin porodica proteina ne treba brkati sa porodica kako se koristi u taksonomiji.

Proteini u porodici potiču od zajedničkog pretka i obično imaju slične trodimenzijske strukture, funkcije i značajne sličnosti sekvenci. Najvažnija od njih je sličnost (obično aminokiselinskih) sekvenci, jer je najstriktniji pokazatelj homologije, a samim tim i najjasniji pokazatelj zajedničkog pretka. Postoji prilično dobro razvijen okvir za procjenu značaja sličnosti između grupe sekvenci, pomoću metoda zvanog poravnavanje sekvenci. Vrlo je malo vjerovatno da će proteini koji nemaju zajedničkog pretka pokazati statistički značajnu sličnost sekvenci, što poravnavanje sekvenci čini moćnim alatom za identificiranje članova proteinskih porodica.

Porodice se ponekad grupiraju u veće kladuse zvane superporodice, na osnovu strukturne i mehaničke sličnosti, čak i ako ne postoji identifikacija homologa sekvence.

Do sada je definirano preko 60.000 porodica proteina,^[1] iako dvosmislenost u definiciji „porodice proteina“ dovodi do njihovogh podjednako različitog broja.

1. ^ Kunin V, Cases I, Enright AJ, de Lorenzo V, Ouzounis CA (2003). "Myriads of protein families, and still counting". Genome Biology. 4 (2): 401. doi:10.1186/gb-2003-4-2-401. PMC 151299. PMID 12620116.